一、关于港口管理体制。2004年1月《港口法》实施以来，我省的港口管理体制逐步理顺和健全。2005年底，省港口管理局经省政府批准成立，作为省交通厅内设机构；大部分设区的市经市政府批准与交通局合署成立了港口管理局，一小部分县（市）也成立了港口管理机构。这些港口管理机构有的单设，有的与交通局合署。从目前省委、省政府对我省“大交通”体制的定位，以及有利于港口与铁路、公路、水路运输衔接、协调出发，《条例》第四条第一款、第二款规定：省交通行政管理部门主管全省港口工作。设区的市、县（市、区）人民政府应当按照统一、高效和有利于形成综合运输管理体制的原则确定一个港口行政管理部门，依法负责本辖区内的港口管理工作。这样规定既与《港口法》保持一致，又从立法角度对港口管理体制的设置作了引导，也比较符合江苏的实际情况。
二、关于港口规划。港口规划是港口建设和管理的前提，是从源头上控制和保护港口资源，促进港口持续、稳定、协调发展的重要手段。但是，由于我省港口管理机构组建时间不长，港口规划相对滞后，特别是在布局上缺少统一有序的规划，各地自行建设，各自为政的现象比较突出。同时，全省港口码头合理利用岸线、分工协调不够，岸线资源综合利用率低，浪费严重。因此，为了统筹全省港口资源，加快构建现代化港口体系，完善港口配套设施，《条例》将科学规划、合理布局作为立法本意，按照“高起点” 和“适度超前”的原则，在港口规划方面主要作了以下规定：
1、细化了编制港口规划的要求。在《港口法》规定的基础上，结合我省实际，《条例》第五条对港口规划进行了分类，并对港口布局规划、港口总体规划和港区控制性详细规划等各类港口规划之间的关系进行了界定。同时，《条例》第六条至第九条分别对港口布局规划、港口总体规划和港区控制性详细规划的编制、审批主体以及程序作了细化规定。这些规定更切合我省海、江、河港俱全的特点，使港口规划更具针对性。
2、强化了港口规划的制约作用。针对当前我省存在的“不按规划建港”、“无规划建港”等问题，《条例》第十条第一款规定：“禁止违反港口布局规划设置港口。禁止违反港口总体规划和港区控制性详细规划建设港口设施”。该规定将港口建设的“关口”前移，增加了港口规划的“刚度”，突出了港口规划的先导作用。
3、突出了港口规划区专用于港口设施建设的保障地位。针对当前港区内存在很多非港口设施，有的已严重影响了港口总体功能的发挥等情况，《条例》第十条第二款规定：“禁止在港区内新建、扩建影响港口功能发挥和港口规划实施的设施；已经建成的，应当逐步搬迁”。该规定将可有效解决影响港口发展的不利因素，为港口规划、建设的实施腾出空间。
4、实现了港口规划与土地许可之间的对接。《条例》第十条第三款规定：“城乡规划主管部门在核发划拨土地的建设用地规划许可证或者出具出让土地的规划条件前，应当书面征求港口行政管理部门的意见。”该规定建立了港口规划与土地利用许可之间的联系，有利于政府部门之间事前协商，较好地解决港口建设与土地利用之间的矛盾。
三、港口岸线优先用于公用码头建设制度。设立该制度主要是针对当前我省很多自建自用码头利用率太低，宝贵的岸线资源得不到充分利用，岸线资源浪费严重等问题。《条例》第十一条第一款规定：“县级以上地方人民政府应当加强对港口岸线资源使用的统一规划，坚持深水深用和节约使用的原则，保护和合理利用港口岸线资源。沿海和内河干线航道上的港口岸线资源，应当优先用于公用码头建设。”同时，对现有码头的整合，鼓励已建成的自用码头提供公共服务也作了引导性规定。《条例》第十一条第二款规定：“县级以上地方人民政府应当对利用率低的码头进行整合，引导、支持有条件的自用码头提供公共服务，提高港口岸线资源的利用效率。”
四、规定了建设港口设施项目所需占用的土地、港口岸线、水域应当由同一主体使用制度。一定的陆域、港口岸线和水域是港口赖以形成的基础，但由于管理体制原因，港区内的土地、港口岸线和水域分别由不同主体使用的情况普遍存在，即便由同一主体使用，但由于土地、港口岸线和水域的使用期限不统一，对港口建设和规划的实施也带来了不利影响，增加了港口设施建设成本，阻碍了港口发展。为了妥善解决这一问题，《条例》第十二条第二款规定：“前款规定的港口设施项目所需占用的土地、港口岸线、水域，应当由同一主体使用，使用期限应当一致。”
五、使用港口岸线审批制度。《港口法》明确规定使用港口深水岸线由交通部审批，但对使用非深水岸线规定不明确，而我省内河普遍又都是非深水岸线。对此《条例》第十三条规定，申请使用沿海以及内河四级以上航道内港口非深水岸线的，由设区的市港口行政管理部门受理，报省交通部门审查并征求省发展和改革部门意见后审批；申请使用内河五级航道内港口岸线的，由设区的市港口行政管理部门受理，征求同级发展和改革部门意见后审批；申请使用内河其他航道内港口岸线的，由县（市、区）港口行政管理部门受理，征求同级发展和改革部门意见后审批。同时，鉴于我省因新农村建设和其他工程建设的需要，临时使用港口岸线建简易码头从事装卸作业的情况较为普遍的现状，本着既方便于民、又对临时使用港口岸线加以一定限制的原则，《条例》第十四条规定，因工程建设等需要建设临时港口设施使用港口岸线的，申请人应当向港口行政管理部门提出书面申请，说明港口岸线临时使用的期限、范围、功能、恢复措施等事项。同时明确了临时使用港口岸线的审批主体和程序以及临时使用港口岸线的期限，并且强调临时使用的港口岸线，不得建设永久性设施。这样规定，不仅符合我省实际，而且具有可操作性。
六、在创新加快港口发展模式上作了探索性规定，建立了地主港模式和特许经营模式。在《条例》一审时，委员们认为《条例》中加快我省港口发展的规定偏少，促进港口发展的新规定更少。鉴于我省已经出现地主港模式和特许经营模式萌芽的现状，在二审修改稿中，借鉴国际大港投资、建设管理经验，就采用地主港模式和特许经营模式分别作了规定。《条例》第十七条规定：“县级以上地方人民政府可以成立开发机构，投资成片开发建设公用港区。建成的港区由开发机构出租给港口经营人经营。开发机构收取的租金，用于港口设施的维护和港口的发展。
县级以上地方人民政府可以按照特许经营方式确定港口设施的建设经营单位，并与其签订特许经营协议，明确港口设施的建设要求、经营期限、维护责任、期限届满后设施的处理、公共服务义务及保证措施、违约责任等事项。”这样规定，既借鉴了国际通行的港口建设经营模式，同时又为该模式的本土化提供了法律依据。
七、港口设施建设工程实行质量、安全监督管理制度。为了对港口建设工程质量加以有效管理，保障港口生产安全，《条例》第二十四条规定，港口设施建设工程实行质量、安全监督管理制度。列入国家和省重点工程的港口建设工程，项目法人应当在开工前向省交通部门或者其委托的质量监督机构办理质量安全监督手续；其它港口设施建设工程，项目法人应当在开工前向设区的市港口行政管理部门或者其委托的质量监督机构办理质量安全监督手续。《条例》仅对省、市两级交通质量监督体制作了规定，未涉及县一级质量监督体制，原因是目前县一级港口行政管理部门普遍还未建立，因此《条例》回避了县港口部门的质量监督权问题。
八、港口公用基础设施建设和维护资金由政府保障制度。目前，我省港口经营性设施建设和维护的资金筹措已经基本实行市场化运作。但是，港口公用基础设施建设和维护尚没有一个稳定的资金渠道，导致港口公用基础设施建设和维护资金十分匮乏，制约了我省港口事业的快速发展。《港口法》第二十条已经明确港口公用基础设施建设和维护是县级以上有关人民政府的职责。为了保障我省港口事业的可持续发展，《条例》第二十七规定，港口公用的航道、防波堤、锚地等基础设施的建设和维护费用，除国家补助外，县级以上地方人民政府应当保证必要的资金投入，保障港口基础设施的安全运行。县级以上地方人民政府应当根据港口建设发展需要，组织建设与港口相配套的航道、铁路、公路、给排水、供电、通信等设施。
除上述制度外，《条例》还对《港口法》的一些规定进行了细化，对国家部门规章设立的制度进行了补充和完善。