9月26日，生态环境部就侵占破坏镇江长江豚类省级自然保护区问题约谈镇江市。镇江市委、市政府对整改工作高度重视、认真研究、严格交办、扎实整改。9月28日，镇江市市长张叶飞召开生态环境部约谈情况及问题整改交办会，对豚类保护区违法违规建设整改作出具体部署。10月16日，镇江市委书记惠建林现场调度，对整改标准和时限提出明确要求。
截至目前，被侵占的7000多亩江滩湿地已全面停止并退出农业生产、水产养殖活动；位于江豚保护区的48个人类活动遥感监测点位，除1个防汛泵站、1个防汛电房、1个原住民房屋外，已全部拆除，大江风云影视实景园、江豚观测台等不在豚类保护区范围内的其他违规建设项目也于10月23日全部拆除。
根据约谈通报的问题，镇江市开展“六大排查整治行动”：由市文旅集团、丹徒区、润州区负责，开展面上自查，确保整改工作不打折扣、不留死角、不走过场，所有问题隐患必须全部排查到位，逐一拿出整改方案；由市农委负责，排查整治保护区内非法人类活动、非法捕捞等违法行为；由市环保局负责，排查整治未批先建、非法倾倒和非法排放等违法行为；由镇江海事局、交通运输局负责，排查整治船舶、水域污染等违法行为；由市水利局负责，排查整治非法采砂、非法构筑等违法行为；由市国土局负责，排查整治非法用地等违法行为。这6项工作都于10月8日全部完成。
镇江市还出台《关于进一步加强江苏镇江长江豚类省级自然保护区管理工作的意见》，进一步健全镇江豚类保护区长效管理机制。
下一步，镇江市将对已拆除的违法违规点位全面做好生态修复。对已退出的农业种植和水产养殖土地进行科学论证，研究制定退耕退渔土地生态修复方案。同时对已拆除点位组织开展“回头看”，确保问题整改到位，坚决杜绝死灰复燃。
镇江市还计划加强长江江豚栖息地保护，组织研究制定江豚自然保护区生态修复方案，扎实推进保护区全面禁捕工作，科学规范开展豚类、水生动植物、水质等资源监测，深入实施生态修复工程，确保为江豚提供更优质的自然环境。
由于长江河道的自然变迁，2003年设定的原保护区范围内的部分江面已变成陆地，镇江市计划组织编制保护区功能区调整方案，同时加快保护区勘界立碑工作，加强管护能力建设，不断提升保护区科研和管理水平。
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