中央环保督察“回头看”进驻江苏期间，指出南京江豚省级自然保护区浦口段周边存在企业违法违规经营等4个方面问题。浦口区即知即改，迅速采取措施、细化制定方案，提前36天完成整治任务。截至8月24日，中央环保督察“回头看”指出的江豚保护区有关问题及隐患，已基本消除。
中央环保督察组指出的4个方面问题分别为，南京港集团部分码头占用生态公益林，长江管道七坝港部分码头改变使用功能、未批先用、违法经营，七坝港区钢材城码头无港口经营许可证，武家嘴船厂在保护区核心区和缓冲区建有船厂和码头。其中，武家嘴船厂已于今年初列入浦口区长江岸线专项整治名单，企业已停产，南京港集团部分码头占用生态公益林已移交相关职能单位，七坝港码头的问题主要在于两家企业违规将场地私自出租给6家非法混凝土企业，目前6家混凝土企业已全部拆除，21个砂场全部清除并恢复原貌，3个码头超出经营范围的设备、建筑物拆除。浦口段完成违法用地整改7处，共计96.36亩，收回企业违规占地1504亩。
中央环保督察组下沉督察浦口区时，发现三桥江豚观测点旁有违章建筑，接到交办件后，浦口区农业局立即着手整改，约谈承包户。说服当事人后，浦口区农业局当日下午组织110余人、机械2台、卡车2辆、农用车4辆，联合江浦街道城管执法中队，对该片违建进行清理。经核实，该片违建为砖混、砖木、钢架、简易房、活动板房结构，面积约1600平方米，目前已拆除完毕。浦口区农业局对江滩周边违建拆除后的废墟善后处理。
针对南京港集团港二公司违法占用生态公益林问题，浦口区农业局7月5日召开江豚自然保护专项整治会议，成立区农业局江豚自然保护区领导小组，下设办公室（江豚办），从局属各单位抽调6名工作人员集中办公，实现专职主任专职化、实体办公正常化，确保区江豚办的机构、人员、经费和办公条件“四落实”。江豚办成立后，迅速对南京港集团港二公司违法占用生态公益林问题展开调查。
经现场调查发现，南京港集团港二公司违法占用浦口区国家级生态公益林约0.52公顷，未办理征占用林地合法手续情况属实。依据《最高人民法院关于审理破坏林地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的规定，侵占公益林地面积5亩以上达刑事案件立案标准，应依法追究违法者刑事责任。浦口区对南京港集团港二公司违法占用林地的行为依法立案查处，并在浦口区原国家级公益林范围内开展国家级公益林落界工作。
根据实地核对，江豚保护区浦口段共有11处、18艘油船，35家企业项目在活动。对此，浦口区农业局制作江豚自然保护区浦口段现状图，组织渔政、江豚办公室相关人员，对涉及江豚保护区已建、在建的工程项目开展执法检查，涉及造船企业24家，已拆除8家，年底前拆除11家，5家企业正在申请办理相关手续。
针对江豚保护区浦口段所占岸线建设项目，浦口区农业局制定相应整治方案，正与南京市渔政处对接，确定江豚保护区内界碑、界桩和指示牌的具体设立位置。
浦口区环保局相关负责人表示，下一步将开展类似问题排查，对已完成整治的项目加强巡查，特别是增加夜查频次，督促生态恢复；尚未完成整改的，加快推进。
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